Dreamwave Productions 公司（以下简称DW）和Devil's Due Publishing公司（以下简称DDP）各自制作了以特种部队与变形金刚的交叉为主题的漫画。有趣的是，两部漫画标题却不完全相同。以TF漫画为主打的DW公司将题目定为“Transformers/G.I.Joe”，而DDP则将GIJoe置于前方，定名为“G.I.Joe VS Transformers”
与以前奇迹公司（Marvel）出版的G.I.Joe VS Transformers不同，这两部漫画的故事发生在平行的时空。DW故事的背景是在第二次世界大战，眼镜蛇阴谋控制整个欧洲。在发现了狂派的机器人之后，眼镜蛇将他们的变形形态改装为具有20世纪40年代风格的战争机器。而特种部队从博派那里得到了帮助，双方携手去阻止狂派和眼镜蛇的联盟……
由于DW公司的破产，这部漫画在出版到第二卷第一册后夭折了。
幸运的是，DDP的G.I.Joe VS Transformers系列还在继续延续。该故事以现代世界为背景。眼镜蛇的势力刚刚兴起。他们发现了方舟号的存在，然后把飞船内部的机器人改造为眼镜蛇专有的战争武器。例如，擎天柱的变形形态被改造为Hiss坦克。为了阻止眼镜蛇势力的扩张，特种部队成立了。他们得到了千斤顶与大黄蜂的帮助……