第一批塞伯坦数据储存器(Cybertronian data cylinders)被制造出来,其中储存了塞伯坦社会中积累的各方面知识。[动画《领袖之证》第21集《信息过量(T.M.I.)》] 然而,随着太空桥失灵以及塞星文明中的其他问题日渐显现,黄金时代逐渐走向终结。不久,太空桥项目遭到废弃。漂泊在星系中的变形金刚们开始有了各自的发展方向,逐渐演化成为适应新家园环境的全新塞伯坦人种族。[小说《流亡(Exiles)》]
随着黄金年代的衰落,位阶制度逐渐形成。公民行会根据该制度来监管新生的变形金刚,并将其指派到各个工作岗位。最终,位阶制度本身也在御天敌(Sentinel Prime)的强力推动下,成为塞伯坦的首要社会制度。钛师傅(Alpha Trion)一直反对这种变革,却在政局中节节失势,直至退居中央档案馆(the Hall of Records),变成了一位隐者。诸如巡游地下世界(the Underworld)等的许多古老传统都被废弃。尽管这些极具争议的改革向来不宣而行,仍有许多新生的变形金刚开始对他们的命运感到不满,并试图寻求改变。位阶制度带来的后果是塞伯坦文化与社会的严重沉滞,象征着旧时代的充满活力的建筑样式和艺术风格被呆板、单调的高楼所代替。[小说《征途(Exodus)》]
不久之后,奥利安亲自前往凯恩城与威震天会面。一些自称“狂派("Decepticons)”的恐怖分子开始打着威震天的旗号制造爆炸事件,袭击了诸如六光游乐园(Six Lasers Over Cybertron)等重要的城市。但是威震天通过全球通讯网宣告与袭击事件无关,并承诺将以正义制裁那些罪犯。奥利安随后也发表了一番演讲,指出所有塞伯坦公民应当享有自由,即“自由的变形金刚(autonomous robots)”,简称为“博派(Autobots)”。然而事实上,威震天早已听说关于爆炸和恐怖分子袭击的传闻,但是并没有阻止他们。最终,最高议会任命奥利安为天元(Prime),授予他新的名字——擎天柱(Optimus)。威震天为他的演说被忽视而感到愤怒,并在议会大厅当场杀死最高议会成员光环议员(Halogen)。擎天柱力挽狂澜,使得双方各退一步,避免现场出现更多流血事件,但是议会仍然没有逃过分裂的命运。航迹云(Contrail)、蝙蝠魔(Ratbat)和传动系(Drivetrain)纷纷赞同狂派的主张。战争成了唯一的选择——大战时代(the Great War)由此拉开序幕。[小说《征途(Exodus)》]
威震天带领一支狂派部队闯入铁堡,去寻找进入塞伯坦核心的方法来扩散暗能量。御天敌虽奋力抵抗,但还是很快就败在了复仇心切的狂派领袖手中。而威震天却不知道,大力金刚(Omega Supreme)却因此而被重新激活,阻止狂派就是他的唯一目标。狂派部队成功地破坏了这位守护使的变形形态,威震天等人在地面上迅速将其击败。于是,威震天得以进入塞伯坦核心,用暗能量将其污染——这是对博派的沉重一击。 [小说《征途(Exodus)》] [游戏《塞伯坦之战(War for Cybertron)》]
博派并没有被击垮,他们立即对来自铁堡的狂派残军发起了一次反击。被囚禁在凯恩城(Kaon)的御天敌奋力发出了一条信息,一支由擎天柱为首的博派小队突入监狱中去拯救他,然而这位前任天元却在获救的那一刻与世长辞。博派们将他的遗体带回了铁堡,擎天柱也正式接受了天元的头衔,担负起了领袖的重任。自此之后,他的名字便改为“擎天柱天元(Optimus Prime)”,天元最后的传人。他成为天元之后的第一项任务,就是净化被污染的星球核心。在深入塞伯坦内部的过程中,擎天柱发现星球的大部分已被彻底污染。核心告诉他,塞伯坦已经彻底毁坏,需要休眠数百万年来修复由威震天的暗能量造成的严重破坏。核心将领导模块(Matrix of Leadership)授予了擎天柱,那是先觉者(Prima)佩戴的神剑(即星辰剑(Star Saber))的一块碎片,其中含有一部分塞伯坦的火种。 [小说《征途(Exodus)》] [游戏《塞伯坦之战(War for Cybertron)》]
背井离乡(Great Exodus)
擎天柱一返回地面,就立即下令大举撤离塞伯坦。各方面都在做着撤退的准备,但还未及出发,大批飞船就被铁甲龙空间站的炮火击毁。由于震荡波植入了多颗火种,铁甲龙获得了生命。擎天柱带领他的部队试图将其从轨道上击落。随之而来的激战最终使得铁甲龙坠向塞伯坦的地面。然而铁甲龙并没有死,而是变形成了机器人模式。又一番战斗之后,擎天柱和他的部队集结在方舟的发射场。那艘飞船是博派们最后的希望。[小说《征途(Exodus)》] [游戏《塞伯坦之战(War for Cybertron)》]
数百万年前(Millions of years ago)
狂派赢得了塞伯坦内战的胜利,但活下来的博派战士们依然在努力为方舟的起航而寻找着材料和能量。
强大的战士钢锁(Grimlock)和他的闪电突击队(Lightning Strike Coalition)违反了擎天柱的命令,劫持了一艘博派飞船前去搜救在锈海(Sea of Rust)被震荡波俘获的队友飞标(Swoop)。不料,五位博派战士不敌震荡波的机器昆虫大军,尽数被擒。震荡波曾借助古老的太空桥科技,见到过许多外星生命,受此启发,他将钢锁等人改造为拥有恐龙形态的强大狂战士,即机器恐龙(Dinobots)。[变形金刚:名人堂(Hall of Fame)] [游戏《塞伯坦没落(Fall of Cybertron)》]
猛大帅献出了自己剩余的全部能量,保障了方舟的顺利起飞,博派战士们乘坐方舟撤入太空。然而,威震天也登上了变形为报应号(Nemesis)飞船的铁甲龙,对方舟紧追不舍。两艘飞船争先恐后地赶往最后一座运行中的太空桥,双方间展开了激战。最终,太空桥爆炸,将两艘飞船抛散到了太空深处。[小说《征途(Exodus)》] [游戏《塞伯坦没落(Fall of Cybertron)》]
在遥远的外太空,擎天柱一行人在领导模块的指引下到达了正飘摇在内战爆发边缘的极速星(Velocitron)。潜伏在博派中伪装成探长(Hound)的狂派战士千面手(Makeshift)伺机得逞,煽动起极速星人中间的不满情绪,致使极速星首领之一洗劫(Ransack)带领一群政治不满者袭击了同为极速星首领的超越(Override),导致内战全面爆发。擎天柱在极速星表面找到了两块时空之剑(Blades of Time)的碎片,却被他误作是星辰剑(Star Saber)的碎片。之后博派通过太空桥离开极速星,到达了垃圾星(Junkion),得到了垃圾星人的热情帮助,开始着手维修方舟。然而千面手再次暗中破坏了维修工作,不过随后被博派所擒。 [小说《流亡(Exiles)》]
与此同时,钛师傅被震荡波软禁了起来,但他却将博派战士传动链(Chaindrive)成功地送到了擎天柱身边,并带去了另一块时空之剑的碎片。[小说《流亡(Exiles)》] 凭借着《天尊圣约》中对未来并不明朗的预言——擎天柱最终会到达地球,钛师傅将铁堡档案馆(Iacon Hall of Records)中的许多塞伯坦圣物发送到了地球,这并不是要令其远离狂派的魔掌,而是为了保证擎天柱最终可以找到他们。[动画《领袖之证》第47集《明暗对决(Alpha/Omega)》] 担任保卫钛师傅安全的烟幕(Smokescreen)在狂派进攻档案馆时被敌人所擒,[动画《领袖之证》第44集《新兵入伍(New Recruit)》] 但在此之前,钛师傅将一件圣物悄悄地藏进了这个年轻博派战士的身体里。[动画《领袖之证》第48集《沉重打击(Hard Knocks)》]
塞伯坦的环境逐渐恶化,最终迫使通天晓下令博派展开最后一次撤离母星的行动。一支护卫舰队逃了出去,但通天晓个人的飞船却被击落,这位雷霆战队的领袖不幸被百炼军(The Forged)所俘,后者是一支由前狂派组成、现效命于震荡波的队伍。[漫画《机器恐龙之怒(Rage of the Dinobots)》第1集] 机器恐龙们突入位于锈海的百炼军大牢展开营救,但他们在那里不只找到了通天晓,还有许多其他的博派俘虏。他们发动了一次越狱,但却迎面遇上了百炼军的首领——塞尔科特(Ser-Ket),她已经接受了巨狰狞电子核酸(Predacon CNA)改造,正如机器恐龙经过了恐龙DNA的改造一样。[漫画《机器恐龙之怒(Rage of the Dinobots)》第2集] 钢锁最终战胜了她,但震荡波随后赶到, [漫画《机器恐龙之怒(Rage of the Dinobots)》第3集] 于是通天晓和机器恐龙再次被俘。
狂派科学家企图完成在钢锁身上的实验以及抹煞这位机器恐龙的自由意志,但其队友和通天晓成功地逃出了牢室及时阻止了震荡波,并粗暴地将其斩首。然而,一幅全息影像显示震荡波实际上依然毫发无损,机器恐龙们摧毁的只不过是他的一个遥控替身。迫在眉睫的危机得以解除,通天晓动身前去与已离开母星的舰队会合,而机器恐龙们决定留在塞伯坦继续搜寻抓捕他们的宿敌震荡波,以及帮助星球上剩余的少数博派。[漫画《机器恐龙之怒(Rage of the Dinobots)》第4集]