Dreamwave Productions 公司(以下简称DW)和Devil's Due Publishing公司(以下简称DDP)各自制作了以特种部队与变形金刚的交叉为主题的漫画。有趣的是,两部漫画标题却不完全相同。以TF漫画为主打的DW公司将题目定为“Transformers/G.I.Joe”,而DDP则将GIJoe置于前方,定名为“G.I.Joe VS Transformers”
与以前奇迹公司(Marvel)出版的G.I.Joe VS Transformers不同,这两部漫画的故事发生在平行的时空。DW故事的背景是在第二次世界大战,眼镜蛇阴谋控制整个欧洲。在发现了狂派的机器人之后,眼镜蛇将他们的变形形态改装为具有20世纪40年代风格的战争机器。而特种部队从博派那里得到了帮助,双方携手去阻止狂派和眼镜蛇的联盟……
由于DW公司的破产,这部漫画在出版到第二卷第一册后夭折了。
幸运的是,DDP的G.I.Joe VS Transformers系列还在继续延续。该故事以现代世界为背景。眼镜蛇的势力刚刚兴起。他们发现了方舟号的存在,然后把飞船内部的机器人改造为眼镜蛇专有的战争武器。例如,擎天柱的变形形态被改造为Hiss坦克。为了阻止眼镜蛇势力的扩张,特种部队成立了。他们得到了千斤顶与大黄蜂的帮助……